Borgarhafnarvötn er þrjú talsins og eru á Borgarhafnarheiði vestan Smyrlabjargalóns. Þau eru Innstavatn, Miðvatn og Fremstavatn. Þegar Smyrlabjargavirkjun (1974) var tekin í notkun, voru vötnin að mestu sameinuð og notuð sem miðlunarlón. Borgarhafnarvötn eru öll í svipaðir hæð yfir sjávarmáli, eða um 285 m. Miðvatn er 0.17 km² að flatarmáli og Fremstavatn er 0.23 km² að flatarmáli. Ekki fundust upplýsingar um Innstavatn. Í vötnunum er aðallega bleikja, Þingvallastofn, og er algeng stærð hennar um 1.5 – 3 pund. Stærstu bleikjur sem hafa fengist í net eru 8-9 pund, svo þær stóru eru svo sannarlega þarna líka. Sögur af stangveiði í vötnunum er ekki mikil en það ætti ekki að koma í veg fyrir að menn láti á það reyna.